Z chwilą wybuchu wojny, znalazł się w lotnictwie Armii „Łódź”. W czasie walk w obronie polskiego nieba odniósł kilka zwycięstw. 17 września 1939 r. odleciał do Rumunii. Po zdaniu samolotu skierował się na południe. Został aresztowany. Przebywał w obozach internowania. Dwukrotnie uciekał i był łapany. Ostatecznie 1 listopada 1939 r. przekroczył granicę z Jugosławią. Drogą na Belgrad przedostał się do Grecji. Tam w ostatnich dniach listopada zaokrętował się na statek. Na jego pokładzie dopłynął do Marsylii. Po przeszkoleniu na francuskim sprzęcie został skierowany do polskiego dywizjonu. Latając z nim odniósł dalsze zwycięstwa w starciach z lotnikami niemieckimi. W obliczu klęski Francji drogą morską ewakuował się na Wyspę Ostatniej Nadziei. Został przydzielony do formującego się polskiego dywizjonu myśliwców.
W czasie ćwiczebnego lotu jego samolot stanął w płomieniach. Niska wysokość nie pozwalała na skok ze spadochronem. Główczyński zdecydował się lądowanie. Pilot został wyrzucony z kabiny. Nie zapiął pasów. Lotnik nie wypuścił podwozia. Jednak udało się odbiec na tyle od samolotu kiedy ten eksplodował. Co nie przeszkodziło, że został poparzony. W takim stanie trafił do szpitala. Leczył się trzy miesiące. Po zakończonym pobycie w szpitalu wrócił do dywizjonu. 30 grudnia 1941 r. podczas lotu na osłonę bombowców atakujących niemieckie okręty w portach francuskich zestrzelił maszynę nieprzyjaciela.
25 stycznia 1942 r. został przydzielony do Sztabu Głównego. Z ramienia lotnictwa pełnił rolę adiutanta generała Władysław Sikorskiego. Uniknął śmierci podczas katastrofy gibraltarskiej. W tragicznym locie dla generała zastąpił go adiutant z marynarki. Główczyński był adiutantem także nowego Naczelnego Wodza. Pełnił służbę u boku generała Kazimierz Sosnkowskiego. W marcu 1944 r. na własną prośbę odszedł z pracy sztabowej. Podjął studia w Wyższej Szkole Lotniczej. Po ukończeniu nauki we wrześniu 1944 r. został skierowany do USAAF. Pełnił funkcję oficera operacyjnego. Latał również bojowo. Ostatni lot wykonał 7 maja 1945 r. Po wojnie w lipcu 1945 r. powrócił do pracy sztabowej. Był współorganizatorem Stowarzyszenia Lotników Polskich. Do wyzwolonej Polski szybko nie wrócił. Powrócił do niej o wiele później od swoich kolegów. Zamieszkał w Warszawie. Zmarł w stolicy 17 grudnia 2000 r.
Oprac. Konrad Rydołowski